甲狀舌管囊腫主要與下列幾種疾病相鑒別，慢性淋巴結(jié)炎，有感染源，如

口腔頜面部或咽喉部炎癥，質(zhì)中等圓形或橢圓形，時(shí)大時(shí)小，急性發(fā)作時(shí)疼痛明顯，抗菌素有效。頸部膿腫，有感染病史，如皮膚病腫或外傷，局部紅腫、界限不清，壓痛明顯。甲狀腺瘤，婦女多見，可借同位掃描鑒別。腮腺囊腫，一般偏向頸部一側(cè)，囊液多為清亮，淡黃，有角化物，膽固醇結(jié)晶等，淋巴結(jié)核較表淺，如形成瘺管，基底部無條索粘連物。

特別值得一提的是舌根部囊腫要與甲狀腺異位相鑒別，在舌根部瘤體突起，表面呈紫色，質(zhì)地柔軟，界限清楚，也可同位素掃描做鑒別。