沙眼衣原體引起的疾病范圍廣泛，可累及眼、泌尿生殖道和其他臟器。在女性，引起的疾病包括有癥狀和無癥狀的宮頸炎、急性輸卵管炎，并可繼發(fā)不孕。

在男性，引起的疾病包括有癥狀和無癥狀的尿道炎和急性附睪炎，男女均可發(fā)生衣原體性直腸炎。生殖道衣原體感染還可引發(fā)反應(yīng)性關(guān)節(jié)炎，而ｌ型沙眼衣原體引起的性病性淋巴肉腫，可表現(xiàn)為無痛性生殖器潰瘍，亦能發(fā)展為淋巴結(jié)炎及生殖道——肛門直腸綜合征。

沙眼衣原體也可母嬰傳播，引起胎兒和新生兒感染，影響優(yōu)生優(yōu)育。沙眼衣原體通過胎盤感染胎兒，可引起早產(chǎn)、低出生體重和胎膜早破，還可能導(dǎo)致自然流產(chǎn)。而經(jīng)產(chǎn)道傳播給新生兒，則可引起新生兒眼炎及新生兒肺炎。