沙眼衣原體感染發(fā)生于男性，引起的疾病包括非淋菌性尿道炎、淋病后尿道炎、附睪炎、前列腺炎、反應性關(guān)節(jié)炎、直腸炎，也可無癥狀。

1、非淋菌性尿道炎的潛伏期為1～3周，臨床表現(xiàn)為尿道黏液性或黏液膿性分泌物，并有尿痛、尿道不適等癥狀，也可無臨床癥狀而僅出現(xiàn)不易解釋的膿尿，其癥狀的消失與尿道衣原體的消除直接相關(guān)。

2、淋病后尿道炎發(fā)生在淋菌性尿道炎之后，約15％～35％的淋菌性尿道炎患者合并衣原體感染，當只給予抗淋病藥物（這些藥物對衣原體無效），患者在短暫的好轉(zhuǎn)后，仍持續(xù)有癥狀。

3、如未治療或治療不當，男性生殖道衣原體感染可進一步引起附睪炎，表現(xiàn)為附睪部位疼痛，觸診附睪腫大，有觸痛，甚至出現(xiàn)陰囊表面的皮膚紅腫。4、由于前列腺與附睪相通，因此，沙眼衣原體也可能引起急性前列腺炎，但這只是推測性的，尚未得到證實。

5、反應性關(guān)節(jié)炎是非淋菌性尿道炎的重要合并癥之一，常發(fā)生在尿道炎出現(xiàn)后1～4周。關(guān)節(jié)炎常為非對稱性，累及下肢大關(guān)節(jié)及骶關(guān)節(jié)等。