男性非淋菌性尿道炎不及時治療，會有一些并發(fā)癥。

并發(fā)癥之一精囊精索炎

常與前列腺同時存在。其臨床表現(xiàn)與前列腺炎相似，同時有精液帶血、射精痛和遺精次數(shù)增多等癥狀。直腸指檢可發(fā)現(xiàn)前列腺上界兩側壓痛、腫脹或有條束狀物。

并發(fā)癥之二前列腺炎

急性期排尿有較劇烈的疼痛感，并向尿道、陰囊和臀部方向放射。直腸有墜脹。也可合并排尿困難和陰莖痛性勃起，少數(shù)伴有發(fā)熱或全身不適。直腸指檢有前列腺腫大和壓痛。尿中可出現(xiàn)透明絲狀物或灰白色塊狀物。多數(shù)患者開始時即為慢性表現(xiàn)，表現(xiàn)為排尿不適、有會陰部、腹股溝、恥骨聯(lián)合上部、腰背部的輕微疼痛或酸脹感。檢查時前列腺呈不對稱腫大、變硬或硬結。

并發(fā)癥之三reiter病reiter病又稱粘膜、皮膚、眼綜合征?；颊哂心虻姥住⒀劢Y膜炎和多發(fā)性對稱性關節(jié)炎。部分患者有陰莖頭和包皮內的淺表糜爛，邊緣稍高，融合成多環(huán)狀，稱為環(huán)狀陰莖頭炎。受累的關節(jié)以膝、跺和肘為多見。關節(jié)病變可長達數(shù)月，偶爾并發(fā)心肌炎、胸膜炎和多發(fā)性神經(jīng)炎，抽取關節(jié)滲出液有時可查出衣原體。血清中抗衣原體抗體滴度亦有所升高。但reiter綜合征可能由多種原因引起，衣原體感染僅可能是其中之一。