1.括約肌間肛瘺。多為低位肛瘺，最常見(jiàn)，約占70%，為肛管周圍膿腫的后果。瘺管只穿過(guò)內(nèi)括約肌，外口常只有一個(gè)距肛緣較近，約3～5cm少數(shù)瘺管向上，在直腸環(huán)肌和縱肌之間形成盲端或穿入直腸形成高位括約肌間瘺。

2.經(jīng)括約肌肛瘺。可以為低位或高位肛瘺，約占25%為坐骨直腸窩膿腫的后果。瘺管穿過(guò)內(nèi)括約肌、外括約肌淺部和深部之間，外口常有數(shù)個(gè)，并有支管互相溝通。外口距肛緣較近，約5cm左右，少數(shù)瘺管向上穿過(guò)肛提肌到直腸旁結(jié)締組織內(nèi)，形成骨盆直腸瘺。

3.括約肌上肛瘺為高位肛瘺，少見(jiàn)，占5%。瘺管向上穿過(guò)肛提肌，然后向下至坐骨直腸窩穿透皮膚。由于瘺管常累及肛管直腸環(huán)，故治療較困難，常需分期手術(shù)。

4.括約肌外肛瘺。最少見(jiàn)，占1%，為骨盆直腸膿腫合并坐骨直腸窩膿腫的后果。瘺管穿過(guò)肛提肌直接與直腸相通。這種肛瘺常由于克隆病、腸癌或外傷所致，治療要注意其原發(fā)病灶。以上分類在高低位方面較細(xì)致，有利于手術(shù)方法的選擇。

如肛管左右側(cè)均有外口，應(yīng)考慮為“蹄鐵型”肛瘺。這是一種特殊型的貫通括約肌肛瘺，也是一種高位彎型肛瘺，瘺管圍繞肛管，由一側(cè)坐骨直腸窩通到對(duì)側(cè)，成為半環(huán)型，如蹄鐵狀故名。在齒線附近有一內(nèi)口，而外口數(shù)目可多個(gè)，分散在肛門左右兩側(cè)，其中有許多支管，向周圍蔓延。蹄鐵型肛瘺又分為前蹄鐵型和后蹄鐵型兩種。后者多見(jiàn)，因肛管后部組織比前部疏松，感染容易蔓延。