（一）中毒型菌痢

本病亦多見于夏秋季，兒童多發(fā)，病初胃腸癥狀出現(xiàn)前即可有高熱及神經(jīng)癥狀（昏迷、驚厥），故易與乙腦混淆。但本病早期即有休克，一般無腦膜刺激征，腦脊液無改變，大便或灌腸液可查見紅細胞，膿細胞及吞噬細胞，培養(yǎng)有痢疾桿菌生長，可與乙腦相區(qū)別。

（二）化膿性腦膜炎

癥狀類似乙腦，但冬春季節(jié)多見，病情發(fā)展較速，重者病后1～2天內(nèi)即可進入昏迷。流腦早期即可見瘀點。肺炎雙球菌腦膜炎、鏈球菌腦膜炎以及其他化膿性腦膜炎多見于幼兒，常先有或同時伴有肺炎，中耳炎，乳突炎，鼻竇炎或皮膚化膿病灶，而乙腦則無原發(fā)病灶。必要時可查腦脊液鑒別。

（三）結(jié)核性腦膜炎

少數(shù)結(jié)核性腦膜炎患者發(fā)病急，早期腦脊液含量可不低，在乙腦流行季節(jié)易誤診，但結(jié)腦病程長，有結(jié)核病灶或結(jié)核病接觸史，結(jié)核菌素試驗大多陽性。結(jié)腦腦脊液外觀呈毛玻璃樣，白細胞分類以淋巴細胞為主，糖及氯化物含量減低，蛋白可增加。放置后腦脊液出現(xiàn)薄膜，涂片可找到結(jié)核桿菌。

（四）流行性腮腺炎、脊髓灰質(zhì)炎、柯薩奇及?？刹《镜人轮袠猩窠?jīng)系統(tǒng)感染