因?yàn)橐认傺缀图毙阅I盂腎炎疼痛的部位和性質(zhì)相似，因此急性腎盂腎炎有時(shí)可誤診為胰腺炎。血清淀粉酶升高，尿液檢查正常有助于胰腺炎的確診并可排除急性腎盂腎炎。

基底部肺炎是一種引起肋下疼痛的發(fā)熱性疾病，但其疼痛有胸膜炎性質(zhì)，胸部x線檢查有異常表現(xiàn)。

有時(shí)急性闌尾炎、膽囊炎、憩室炎等急腹癥必須與急性腎盂腎炎相鑒別，盡管早期的癥狀和體征相似，但尿液分析和其他實(shí)驗(yàn)室檢查有助于鑒別診斷。

女性急性盆腔炎患者須與急性腎盂腎炎相鑒別。體格檢查發(fā)現(xiàn)有特征性體征和尿液培養(yǎng)陰性提示急性盆腔炎。

在男性患者，急性腎盂腎炎須要與急性前列腺炎、急性附睪睪丸炎相鑒別。

急性腎盂腎炎還須與腎膿腫、腎周圍膿腫鑒別。