需氧性的革蘭氏陰性菌是主要致病菌，最常見的是大腸桿菌和變形桿菌。變形桿菌有很強的合成尿素酶的能力，尿素酶分解尿素，使尿液堿化，導(dǎo)致磷酸鹽析出，形成磷酸鎂銨和磷酸鈣結(jié)石?？死装资蠗U菌合成尿素酶的能力較弱，但可合成其他有利于形成結(jié)石的物質(zhì)。

革蘭氏陽性球菌，尤其是凝固酶陽性葡萄球菌（表面葡萄球菌、腐敗寄生葡萄球菌）、金黃色葡萄球菌和d組鏈球菌（腸球菌）偶爾亦引起急性腎盂腎炎。葡萄球菌可通過血液途徑侵入腎臟引起菌尿癥和腎膿腫。厭氧菌引起的腎盂腎炎較罕見。