1.部分游離氨基酸結合到組織蛋白質中，由于蛋白質的分解，這些氨基酸可再回到游離氨基酸池中，被再用于蛋白質合成。

2.部分游離氨基酸進行分解代謝，其碳架分解產生二氧化碳排出或轉變?yōu)樘窃椭拘问絻Υ嫫饋?，同時氮則以尿素形式清除。

3一些游離氨基酸用子合成新的含氮化合物，如嗓吟堿、肌酸和腎上腺素。它們的降解終產物不再回到游離氨基酸池中。體內非必需氨基酸是利用其他氨基酸轉化來的氨基和中間代謝形成的碳架合成的。

體內氨基酸代謝過程十分復雜，各種氨基酸具有共同的結構特點，因此它們有共同的代謝途徑，但不同的氨基酸由于結構上的差異，也各有其個別的代謝方式。總的說來，每一種氨基酸都經過一系列特殊的化學反應降解并最終以尿素形式排泄。

骨骼肌代謝大量支鏈氨基酸，其生成的氮以谷氨酞胺和丙氨酸形式輸出，然后其碳骨架進人三授酸循環(huán)，或完全氧化成c伍，或被利用于谷氨酞胺或丙氨酸的合成。支鏈氨基酸在骨骼肌中的分解代謝受到特殊、復雜的調節(jié)。